Od prvního dílu se toho lecos změnilo a to nejen druh hratelnosti ,grafika , ale hlavně prostředí boje.Ve druhém dílu trilogie Crysis , se podíváme do města New York , které bylo napadeno ohromnou invazí mimozemštanů. Začínáte jako speciálně vycvičený voják na ponorce , která má zrovna odplout na misi. Nicméně město je z ničeho nic napadeno a nejen na ponorce zavládne chaos , jen tak tak se vysvobodíte z ponorky , vyplavete na hladinu moře a před očima vidíte hrůzu, která zaplavila město. Nevíte co se děje a snažíte se doplavat na břeh, když v tom po vás začnou střílet mimozemské entity. Naneštěstí pro ně , vás příjde zachránit hrdina z prvního dílu Prophet , který jak později zjistíte je nakažený mimozemskou látkou a jeho oblek se v cosi přeměňuje , v tomo případě se dá říct upgraduje (vylepšuje). Prophet vás požádá abyste si nasadili jeho nano oblek a šli zachránit svět (New York v tomto případě) od jisté zkázy a poté si vezme život….
Od prvního dílu se toho opravdu mnoho změnilo , hra je nejen graficky vylepšená tak i graficky obraná o pár věcí , které jste si mohli vyzkoušet v prvním díle a to například o ničení terénu , stromů a staveb které jste mohli v prvním díle libovolně níčit.
Do hry je nově zabudován RPG systém a to při vylepšování vašeho nano obleku za energii získanou ze zabitých mimozemštanů a tím se vlastně vysvětluje zápletka s mimozemskou infekcí. Vylepšování zbraní zůstalo z prvního dílu , nechybí i nové zbraně. Překvapí vás i chytřejší umělá inteligence , lepší hratelnost a menší hardwarové nároky než u předchozího dílu.
